La chiesa di San Paolo alle Tre Fontane, fondata nel V secolo, sorge nel punto in cui, per antica credenza, si consumò il martirio per decapitazione di san Paolo. Un’iscrizione sul luogo annuncia: “S.PAULI APOSTOLI MARTYRII LOCUS UBI TRES FONTES MIRABILITER ERUPERUNT”, traducibile in: “luogo del martirio dell’apostolo San Paolo, dove tre fontane scaturirono in modo miracoloso”.
Questa narrazione popolare racconta che, dopo il taglio della testa dell’apostolo, questa rimbalzò a terra tre volte, e in ognuno di questi punti emerse una sorgente: la prima emetteva acqua calda, la seconda tiepida, e la terza fredda. In memoria di questo evento miracoloso, furono costruite tre piccole cappelle. Per secoli, l’acqua di queste sorgenti, ritenuta benefica per la guarigione da malattie, fu distribuita ai pellegrini, finché, nel 1950, il flusso fu interrotto a causa di problemi di contaminazione.
L’attuale struttura della chiesa fu progettata dall’architetto Giacomo Della Porta nel 1599, su incarico del cardinale Pietro Aldobrandini.