I lavori per erigere la chiesa iniziarono nel 1551, sotto l’egida di Ignazio di Loyola, il fondatore della Compagnia di Gesù, una figura prominente nel periodo della Controriforma.
L’edificio ha acquisito una particolare rilevanza per la comunità lituana, in gran parte grazie alla presenza della tomba di Jerzy Radziwiłł (1556–1600), il quale ha il merito di essere stato il primo cardinale lituano, ricevendo la consacrazione episcopale all’età di soli ventisette anni.
Dal punto di vista architettonico, la chiesa rappresenta un punto di svolta nell’arte sacra, essendo stata progettata in linea con gli ideali promossi dal Concilio di Trento. Caratterizzata da una singola navata, la sua struttura mira a concentrare l’attenzione dei fedeli sull’altare e sul predicatore, stabilendo un modello che sarebbe stato adottato nei successivi edifici religiosi costruiti dalla Compagnia di Gesù in tutto il mondo.