Nel 1817, una nascente e riservata comunità evangelica a Roma celebrò un culto in gran segreto, per poi emergere pubblicamente con l’edificazione della propria chiesa nel 1871, anno in cui Roma fu proclamata capitale d’Italia.
Su iniziativa dell’imperatore Guglielmo II, fu deciso che la chiesa dovesse riflettere un marcato stile protestante. Il compito di realizzare tale visione fu affidato all’architetto tedesco Franz Schwechten, noto per aver progettato la Chiesa della Rimembranza a Berlino. Schwechten selezionò materiali da costruzione provenienti dalle regioni centrali della Germania, storicamente connesse alla figura di Lutero, e integrò nel campanile una replica delle campane della Chiesa del Castello di Wittenberg. Tuttavia, a causa dell’interruzione determinata dalla prima guerra mondiale, la chiesa fu ufficialmente inaugurata solo nel 1922.
Nel 1983, san Giovanni Paolo II divenne il primo pontefice a visitare la chiesa, inaugurando una tradizione seguita successivamente da papa Benedetto XVI nel 2010 e da papa Francesco nel 2015.