Documenti storici dell’VIII secolo attestano la presenza, in questa località, di una modesta chiesa donata dalla comunità monastica delle basiliane, fuggitive dall’Oriente, per volere di papa Zaccaria.
Dal 1256, il sito divenne residenza dei frati predicatori. Per un periodo superiore a un decennio, il convento di Santa Maria sopra Minerva fu soggetto alla giurisdizione del convento domenicano di Santa Sabina, il primo ad essere fondato a Roma.
Durante il periodo di dominazione napoleonica, dal 1797 al 1814, il convento fu requisito e trasformato in caserma di fanteria, subendo gravi danneggiamenti. I frati lo abbandonarono intorno al 1810 a seguito della soppressione degli ordini religiosi, per farvi rientro solamente nel 1825.
Nel 1871, lo Stato italiano procedette all’espropriazione definitiva della chiesa, e soltanto nel 1929 ne fu consentito ai frati l’utilizzo parziale.
A partire dalla seconda guerra mondiale, con l’avvio delle relazioni diplomatiche tra la Santa Sede e la Finlandia nel 1942, la comunità finlandese ha eletto questa basilica a proprio luogo di culto. Ogni anno, il 19 gennaio, in occasione della festa di sant’Enrico di Uppsala, patrono della Finlandia, si celebra una messa solenne nella Cappella Capranica, dove è custodita una statua lignea del santo.
All’interno della basilica si trovano le spoglie del Beato Angelico, dichiarato patrono degli artisti da San Giovanni Paolo II nel 1984, e quelle di santa Caterina da Siena, proclamata dottore della Chiesa nel 1970 e patrona di Roma, Italia ed Europa.