La fondazione della chiesa risale al 422, ad opera di Pietro d’Illiria, un prete originario della Dalmazia, che selezionò per la costruzione il domicilio di Sabina, una nobildonna romana successivamente canonizzata. Nel 1219, papa Onorio III affidò la chiesa e una porzione del palazzo a San Domenico di Guzman, il fondatore dell’Ordine dei Domenicani. Da quel momento, l’edificio è diventato il fulcro dell’ordine e un punto di riferimento significativo per la comunità estone, a seguito della lunga associazione dell’ordine con Tallin, la capitale dell’Estonia.
Nel 1587, la basilica fu oggetto di importanti lavori di ristrutturazione diretti dall’architetto Domenico Fontana su mandato di papa Sisto V. Tuttavia, queste modifiche furono in seguito rimosse per restaurare l’aspetto originale medievale dell’edificio.