Utilizzando i frammenti di antiche costruzioni dell’era imperiale, questa chiesa venne costruita nel VII secolo, prendendo il nome dalla via in cui si trova, rappresentante il segmento cittadino iniziale della via Flaminia.
Nell’Anno Santo del 1650, significative opere di restauro hanno radicalmente modificato l’aspetto della chiesa, conferendole l’eleganza barocca che la caratterizza oggi.
La leggenda narra che fu proprio in questo sito che san Paolo venne incarcerato. Ancora oggi, nella parte sotterranea della chiesa, si può trovare una colonna alla quale si dice fosse stato legato il santo e un pozzo da cui, secondo la tradizione, sgorgò una sorgente miracolosa in risposta alle sue preghiere.